近年来财政部出台了内部控制建设的相关指导意见和制度，2020年国家卫生健康委也出台了《公立医院内部控制管理办法》，为公立医院加强内部控制建设指明了方向。但是在实践中，部分公立医院在资金使用、资产管理等方面仍然存在不少问题。
一、当前内部控制建设存在的问题
一是管理意识不到位。部分医院负责人的内部控制理念未更新、管理意识不强，认为加强内部控制建设仅是由综合办或相关科室照章出台制度即可，思想上未加以重视，制约了医院内部控制的建设质量和执行效果。
二是控制措施不贴合。有的单位并没有认真梳理和研究单位的框架结构、业务特点和工作需要，直接照搬照抄同行业甚至其他行业的内部控制制度，控制措施“不接地气”。同时也存在有的单位受限于编制等现实因素影响，造成不相容岗位无法有效分离，在关键环节的岗位设置中存在一人多岗的现象，进而给国有资源、资产埋下安全隐患。
三是监督环节不闭合。有的单位没有建设内部控制的监督程序，未制定有力的绩效考评制度强化制度执行。有的单位也没有按照加强内部审计监督的有关规定设定内部审计小组或审计岗位，在机制上不能保障有效的监督难以让内部控制制度真正发挥作用。
二、强化内部控制建设的建议
一是严格落实主体责任。单位主要领导应该严格落实内控建设的主体责任，并严格履行推进法治建设第一责任人职责，把内部控制建设作为日常工作来抓，从而推动单位各个层面对于内部控制建设的重视，提高整体贯彻制度的自觉性和主动性，才能促进公立医院内部治理水平不断提高。
二是搭建适用管理体系。切实依照规定打造适用于本单位特点的内控措施，与时俱进动态完善单位内控体系。尽量合理设置分工、相互牵制的业务组织形式和责任追究制度，逐步形成相互制约的工作机制，降低医院运营风险。深入研究政策要求和行业标准，加强资金使用、资产管理、项目建设等内部管理的一体化制度建设。
三是发挥监督闭环效用。一方面强化制度执行的监督管理，建立内部控制实施情况与个人业绩挂钩的考评机制，提高单位内部人员严格执行控制制度的内驱动力。另一方面严格执行评价与监督的要求，组织内审或引入第三方对内部控制建立、实施的有效性进行评价和监督，同时借助预决算、重点工作信息等政务公开制度和纪检巡察、政府审计等外部资源形成合力，以整改助推内部控制体系完善。