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9月22日下午，模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施工程指挥部副总指挥、副校长田见晖再次召集专题会议，就大设施建设过程中启动试运行机构机制进行深入研讨。会议邀请国家脉冲强磁场大设施、上海同步辐射光源大设施团队共同研讨交流。
模式动物重大设施建设办主任张树川汇报了在9月1号运行机制研讨会议基础上完善的大设施运行机构成立的必要性、机构性质、组织架构、人员构成、运行经费收支测算、学科组织体系、人才培养等方案情况。
国家脉冲强磁场是物质微观世界的“放大镜”，上海同步辐射光源被称作“前沿科研的眼睛”，会议邀请到华中科技大学国家脉冲强磁场科学中心办公室主任程远、上海同步辐射光源科学中心副主任张文志介绍了相关设施运行机构组织及运行情况，重点分享自身好的做法和经验，并对模式动物设施的运行机构设置方案提出意见与建议。
大设施除了提供基础科学研究平台，还将面向医院、生物医药企业服务，就如何构建新型高效的商业化运行机制，会议专门邀请实验动物行业新秀江苏集萃药康生物科技股份有限公司董事长、国家遗传工程小鼠资源库主任高翔针对大设施的用户群体，提出公司化组织模式，打造实验猪产业生态链的设想。
模式动物设施首席科学家、中国科学院院士孟安明表示，模式动物设施不同于其他国家重大科技基础设施，我们不仅有服务，还有产品，成果转化潜力巨大，学校应抓紧推动大设施机构落地，并争取保定市的政策、投资、人员等支持，吸引更多人才及用户，从而实现自我造血能力。
科研院常务副院长崔振岭提出要深入挖掘设施的用户潜力，做详细的市场分析，对设施企业化运行的方向进行预判。人事处处长兼人才办主任隋熠对大设施建立目标任务导向的绩效考评制、改革探索多元化的人员聘任模式和新型人力资源管理制度给与很好的指导意见。发展规划处副处长李憑峰对方案具体内容和申报成立程序提出了相关要求。
田见晖最后总结指出，经过多轮讨论，校内各单位对模式动物设施的重要性和机构成立的紧迫性已经达成共识；在人员编制方面，要逐一明确核心关键岗位的职责和必要性，进一步完善运行机构设置方案；要引入商业化运营模式，建议寻求地方平台公司介入，学校以设施资产和技术入股，并吸引重点客户企业加入，以及社会基金资本投入，逐步探索出适合大设施发展的商业化运营模式。要组织工作专班，倒排工期，尽快拿出成熟的方案，报学校研究审议。
科研院重大专项处处长崔福浩、重大专项与自主科研部李昕睿，模式动物重大设施总工艺师孟庆勇、设施工艺负责人连正兴、胡晓湘，模式动物重大设施建设办公室副主任姚新宇、副教授于坤、高级工程师温皓杰参加会议，并做了交流发言。